Titre original : Pilot
 Numéros : 1 (1 - 1) / Prod° 1AKJ79
 Scénariste : Paul Scheuring
 Réalisateur : Brett Ratner
 Diffusions : * États-Unis États-Unis : 29 août 2005 (FOX) * France France : 31 août 2006 (M6)
 Invités : Matt Dworzanczyk (le prêtre), Jessalyn Gilsig (Lisa), Camille Guaty (Maricruz Delgado), Stacy Keach (Warden Pope), Chelcie Ross (Évêque Bishop McMorrow), Anthony Starke (Sebastian Balfour), Muse Watson (Charles Westmoreland)
 Résumé : Michael Scofield, brillant ingénieur en génie civil, souffrant de trouble émotif, avec un QI exceptionnel, commet un braquage pour être incarcéré dans la même prison que son frère, condamné à mort pour le meurtre de Terrence Steadman, un homme d'affaire philanthrope et frère de la vice-présidente. Michael est convaincu de l'innocence de son frère, Lincoln Burrows et possède les plans de la prison qu'il a aidé à rénover tatoués sur le corps. Il est confiant dans un plan d'évasion qu'il a méticuleusement mis au point et dont il ajuste les pièces peu à peu. Scofield se fait passer pour diabétique dans le but d'avoir un accès quotidien à l'infirmerie qui serait le "maillon le plus fragile" dans la sécurité. Il y fait la rencontre de Sara Tancredi, médecin de la prison et fille du gouverneur. Une ex de Burrows, Lisa Rix, a la garde de leur fils L.J, qui se fait arrêter en possession de drogue. L'avocate de Scofield et ex-fiancée de Burrows, Veronica Donovan, se doute de ce que son client prépare.

Titre original : Cell Test
Numéros : 3 (1 - 3) / Prod° 1AKJ02
Scénariste : Michael Pavone
Réalisateur : Brad Turner
Diffusions : * États-Unis États-Unis : 5 septembre 2005 (FOX) * France France : 31 août 2006 (M6) * Belgique Belgique : 24 janvier 2007 (RTL-TVI)
Invités : Jessalyn Gilsig (Lisa), Stacy Keach (Warden Pope), Silas Weir Mitchell (Charles Patoshik, dit le disjoncté), Al Sapienza (Philly Falzone), Anthony Starke (Sebastian Balfour)
 Résumé : Veronica arrive à convaincre la jeune femme à tout lui raconter, mais les services secrets vont lui mettre la main dessus. En prison, Michael teste Sucre pour savoir s'il peut lui faire confiance ; le test est positif, mais Sucre refuse de participer à l'évasion et se fait transférer de cellule. Scofield a un nouveau codétenu : Haywire, qui n'inspire pas confiance. Le plan est bloqué car Scofield ne peut pas creuser. Abruzzi lui a coupé deux orteils sans succès pour le faire parler à propos de Fibonacci, puis décide de coopérer et de l'aider dans son plan en échange des informations que Scofield devra lui livrer à temps. Sucre a des doutes sur la stabilité des sentiments de Maricruz.

Titre original : English, Fitz or Percy
Numéros : 5 (1 - 5) / Prod° 1AKJ04
Scénariste : Zack Estrin
Réalisateur : Randall Zisk
Diffusions : o États-Unis États-Unis : 19 septembre 2005 (FOX) o France France : 7 septembre 2006 (M6) o Belgique Belgique : 31 janvier 2007 (RTL-TVI)
Musique : Orange Sky d'Alexi Murdoch (à la fin de l'épisode)
Invités : Stacy Keach (Warden Pope), Muse Watson (Charles Westmoreland)
Résumé : Kellerman et Hale (les agents du Secret Service) manœuvrent pour faire transférer Scofield. Un premier chantage contre le directeur échoue, ils reviennent à la charge et cette fois font craquer le directeur. Avec son transfert certain, le plan de Scofield tombe à l'eau. Veronica a réussi à associer un avocat spécialiste en peine de mort, et ensemble ils découvrent que la bande vidéo est truquée. En prison, Scofield a terminé le trou dans sa cellule et peut aller et venir dans les recoins de la prison ; et il s'en sert pour découvrir lequel des trois chemins menant à la prison il doit choisir entre English, Percy et Fritz pour échapper à la police à l'issue de leur évasion, si elle réussit.